المجهر المقلوب هو مجهر بصري مع مصدر الضوء وعدسة المكثف الموجودة فوق مرحلة العينة ، في حين أن العدسة الموضوعية تقع أسفل مرحلة العينة. هذا التكوين هو عكس المجاهر التقليدية (الرأسية). يجعل التصميم المقلوب من السهل التعامل مع عينات سائلة وعينات أكثر سمكا ، حيث أن الجاذبية تبقي العينات في مكانها دون قسائم الغطاء.